2022〈聖嚴法師的念佛禪法——參究念佛的演變〉《聖嚴研究》第15輯。（預定於9月出版）

2020〈死心悟新禪師生平及其禪風探討〉《人文社會科學研究》14.3，頁75-94。（合著者：蔣明親）

2017〈湛然圓澄師徒三人之行止與「茶話」禪風〉，《法鼓佛學學報》20，頁45-85。

2016a〈數數念佛禪法之研究——以聖嚴法師的教學為主〉，《聖嚴研究》第7輯，頁279-325。

2016b〈金園集の研究〉，《三友健容博士古稀記念論文集——智慧のともしびア—ビダルマ佛教の展開》中国･朝鮮半島･日本編，東京：山喜房佛書林，頁27-58。

2015〈唐‧北宋時期中日佛教文化交流考——以天台山與比叡山為主〉，《求法與弘法：漢傳佛教的跨文化交流國際研討會論文集》，頁141-204。

2014“Realization through Hearing in Chan Literature,”Journal of Chinese Buddhist Studies 27, pp. 129-179.

2012〈徑山法欽禪師與其師徒小考〉，《慧燄薪傳——徑山與中國禪宗文化國際學術研討會論文集》上冊，頁154-156。

2011〈試論《楞嚴經》耳根圓通法門——以聖嚴法師的講要為主〉，《聖嚴研究》第2輯，頁361-401。

2011c〈禪宗公案中的耳根圓通法門及其現代應用〉，《禪和之聲》，北京：宗教文化出版社，頁19-35。

2010〈聖嚴法師淨土思想之研究——以人間淨土為中心〉，《聖嚴研究》第1輯，頁69-108。

2007〈慈雲遵式與天竺寺〉，《法鼓佛學學報》1，頁103-175。

2004a〈慈雲遵式の宗教信仰について〉，《佛教學會紀要》11，頁29-51。

2004b〈慈雲遵式の生涯について——特に実践行儀面からみた遵式の生涯〉，《淨土學佛教學論叢：高橋弘次先生古稀記念論集》，東京：山喜房，頁253-280。

2003a〈台湾に行われる大悲懺法の流伝について——《大悲心陀羅尼経》を中心として〉，《天理臺灣學會年報》12，頁41-50。

2003b〈慈雲遵式の研究序説——特に遵式の生涯について〉，《佛教大学大学院紀要》31，頁29-42。

2003c〈慈雲遵式の研究序説——特に遵式の社会的な教化活動〉，《印度學佛教學研究》103 (52-1)，頁177-179。

2000〈四明知禮の誓願観——特に観音菩薩の十大願を中心に〉，《印度學佛教學研究》96 (48-2)，頁32-34。

2022《《大乘起信論直解》校注》，臺北市：法鼓文化。（預計3月出版）
2021〈憨山德清《起信論》註解探析〉，《興大中文學報》49。
2019〈晚明《起信論》註解探析──以憨山德清為主（初稿）〉，第三屆「近世東亞佛教的文獻和研究」國際學術研討會會議論文，頁146-166。
2008〈蕅益智旭《中庸直指》探析〉，《興大中文學報》23，頁49-66。
2007〈蕅益智旭《大學直指》初探〉，《興大中文學報》21，頁253-272。
2006《憨山大師的三教會通思想》，臺北市：文津出版社。

期刊論文

2024〈三峰派禪僧系譜與著作之重新考察〉，《法鼓佛學學報》34期，頁39-94。
2024〈禪門心法與現代談判溝通：聖嚴法師從心溝通論述與應用之解析〉，圓光佛學學報》43期，頁145-191。
2023〈三峰派之懺與禪：論仁山寂震《大般若懺法》〉，《臺大佛學研究》46期，頁107-166。
2023〈三峰派仁山寂震《仁山和尚寶華語錄》解析〉，《佛光學報》新9卷第1期，頁69-114。
2022〈以詩證禪：仁山寂震〈廣寒山詩〉揭顯之三峰宗風〉，《法鼓佛學學報》30期，頁55-90。
2022〈趙氏真孤──從〈明白菴記〉論繼起弘儲之禪學思想與傳承〉，《佛光學報》新8卷第1期，頁145-199。
2021〈三峰派參禪鍛鍊：論仁山寂震之參禪第一步要訣〉，《法鼓佛學學報》29期，頁115-157。
2020〈清初仁山寂震對三峰派禪教論述之傳承與實踐〉，《中華佛學研究》21期，頁37-71。
2018〈棒喝宗風中的經教趨向：清初仁山寂震《金剛三昧經通宗記》初探〉，《中華佛學研究》19期，頁107-148。

學術研討會論文
2022〈三峰派之懺與禪：論仁山寂震《大般若懺法》〉，法鼓文理學院佛教學系主辦「文本、敘事、經驗與修行：佛教禪修研究」國際研討會，2022年12月16-17日。
2022〈從心溝通───禪門心法與溝通談判技巧之對話〉，法鼓文理學院人文社會學群主辦「心靈環保跨領域對話」學術研討會，2022年6月30-7月1日。
2021〈以詩證禪───仁山寂震〈廣寒山詩〉揭顯之三峰宗風〉，中央研究院中國文哲研究所主辦「第六屆東亞文獻與文學中的佛教世界」學術研討會，2021年11月26-27日
2021〈晚明清初文字禪───三峰派之雙軌、多元化論述〉，中央研究院「東亞文化意象的博物書寫與物質文化」主題計畫、中華佛學研究所、財團法人聖嚴教育基金會、台灣大學佛學研究中心共同主辦「獨坐大雄峰──禪宗思想與寺院文化」線上研習營，2021年9月10-12日。
2021〈晚明清初禪宗思想史——關鍵論辯之開展、聚焦與轉化〉，財團法人聖嚴教育基會主辦「第八屆漢傳佛教與聖嚴思想」國際學術研討會，2021年6月28-30日。
2021〈鍛鍊與文字——從仁山寂震〈參禪第一步要訣〉論三峰派之禪鍛與文字〉，財團法人聖嚴教育基會主辦「第八屆漢傳佛教與聖嚴思想」國際學術研討會，2021年6月28-30日。
2021〈三峰派仁山寂震之禪鍛特色——《仁山和尚寶華語錄》解析〉，佛光大學佛教研究中心主辦「第四屆近世東亞佛教的文獻和研究」國際學術研討會暨青年學者論壇，2021年5月29-30日。
2021〈從具德弘禮與仁山寂震論清初三峰派之禪學思想與鍛鍊特色〉，靈隱寺雲林書院主辦「靈隱寺與中國近代佛教」學術研討會，2021年5月22-23日。
2019〈棒喝與經教───仁山寂震對三峰派禪教論述的傳承與實踐〉，法鼓山中華佛學研究所、法鼓文理學院、法鼓山佛教基金會主辦「漢傳佛教研究和教育的實務開展」圓桌論壇．緬懷創辦人聖嚴法師圓寂十週年，2019年9月20-21日。
2019〈漢傳禪法在世間───法鼓山義工團環保組禪法生活應用課程之發展與調查〉。法鼓山佛教基金會主辦，法鼓文理學院、聖嚴教育基金會、國立臺北大學商學院、國立臺北大學公共事務學院協辦「2019法鼓山創辦人聖嚴法師圓寂十週年───佛法與社會科學」國際研討會，2019年6月29-30日
2019〈“Instructional Action Research on the Application of ‘Counting-beans Chanting Buddha’s Name’ in Daily Practice of Meditation” 數豆念佛於禪修生活應用之教學行動研究〉。國際真宗學會、法鼓文理學院主辦「The 19th Biannual Meeting of International Association of Shin Buddhists Conference」，2019年5月24-26日。
2019〈趙氏孤兒——從〈明白菴記〉論三峰派繼起弘儲的禪教並重與兩脈並傳之關聯〉，佛光大學佛教研究中心主辦「第三屆近世東亞佛教」國際學術研討會暨青年學者論壇，2019年5月18-19日。

學術著作

法海泛舟紀念專輯 

榮譽所長 

著作：著有《隋代佛教史述論》、《中國佛教泛論》、《二十世紀的中日佛教》、《佛教史料學》等書籍。編有《現代佛學大系》、《大藏經補編》、《世界佛學名著譯叢》、《中華佛教百科全書》等書籍。

藍吉富老師榮退歡送紀念影片

一、專書 (包括未出版文稿)
2020《華嚴與諸宗之對話》，台北：法鼓文化，頁次：386。
2006《三足鼎立的天台--天台學入門》(本書原是東大三民出版社之邀稿，預計於2006年出版，但於完稿後，自己主動取消出版)。
1997 b《南嶽慧思禪觀之研究》，中華佛研所專題論文。
1997 a《天台性具思想》，台北：東大圖書，頁次：257。
1996 《華嚴無盡法界緣起論》，台北：華嚴蓮社，頁次：444。
1995 b《天台智者的戒學》，中華佛研所專題論文。
1995 a《天台緣起中道實相論》，台北：法鼓文化。頁次526。
1993 《天台智者的禪觀》，中華佛研所專題論文。
1992 《理體論與心性說---蕅益智旭思想之研究》，中華佛研所專題論文。
1986 《從「心」論中國哲學基本型態之開展》，文化大學哲研所博士論文。
1983 《華嚴清淨心之研究》，文化大學哲研所碩士論文。

二、期刊論文
2021 b〈志磐五時教之困頓〉，寧波‧七塔禪寺，第五屆天台佛教學術研討會。
2021 a〈華嚴菩薩道之無疲倦行〉，《2021 華嚴專宗國際學術研討會論文集》，頁41-58。
2019 d〈法界三昧之觀行───以「行起解絕」為主〉，《華嚴學研究》第四輯，頁8-18。
2019 c〈聽見華嚴───從悉曇字顯華嚴一乘緣起〉，《2019 華嚴專宗國際學術研討會論文集》，頁217-233。
2019 b〈慈雲遵式於天台止觀之運用〉，寧波七塔禪寺，第三屆天台佛教學術研討會。
2019 a〈啟動普賢行  念念無間斷〉，《普賢菩薩50問》，法鼓文化，頁2-7。
2018 e〈華嚴宗對龍樹中觀之看法—以法藏《十二門論宗致義記》為主〉，台北廣明寺，「佛教義理與實踐」國際學術研討會。　
2018 d〈大慧宗杲對智者大師悟境的看法〉，寧波七塔禪寺，第二屆天台佛教學術研討會。
2018 c〈大慧宗杲的悟境之探討───以「 前後際斷 」為切入點〉，杭州，徑山寺，頁22-32。
2018 b〈法藏大師對般若真空之看法〉《2018 華嚴專宗國際學術研討會論文集》，頁157-180。
2018 a〈月霞大師之華嚴‧禪───兼論應慈、持松法師等〉，《華嚴學研究》第三輯，頁100-113。
2017 d〈北朝地論學派對華嚴思想之啟發───以淨影寺慧遠之「六相」為主〉，洛陽，少林寺，頁139-156。
2017 c〈永明延壽對天台”六即”之運用〉，寧波七塔禪寺，第二屆天台佛教學術研討會。
2017 b〈華嚴‧禪之關係───深明法界觀 好喫趙州茶〉，《2017 華嚴專宗國際學術研討會論文集》，頁259-286。
2017 a〈月霞大師與法界觀之關係───以《維摩詰經講義錄》為主〉，《華嚴學研究》第二輯，頁56-69。
2016 c〈天台中道觀與根機之關係〉，華梵大學校覺室曉雲導師思想暨天台學研究中心主辦，「2016天台思想學術研討會」，2016年9月10至11日，頁1-15。
2016 b〈華嚴不見了───近百年來有關法藏大師思想研究之反思〉，《華嚴學研究》第一輯，頁42-64。
2016 a〈華嚴大海十相〉，《2016華嚴專宗國際學術研討會論文集》，頁53-75。
2015 c〈諦閑大師的普賢觀行───「教宗天台‧行在彌陀」〉，寧波，五磊寺。
2015 b〈教宗賢首‧行在彌陀〉，《2015華嚴專宗國際學術研討會論文集》，頁205-234。
2015 a〈中韓水陸法會之考察───以召請對象之「踵事增華」為主〉，《求法與弘法：漢 傳佛教的跨文化交流國際研討會論文集》，頁463-522。
2013 b〈天台三觀與華嚴三觀〉，《華梵人文學報》：天台學專刊，頁169-199。
2013 a〈｢大｣華嚴vs. ｢妙｣法華───華嚴海之｢大｣與法華橋之｢妙｣〉，《2013 華嚴專宗國際學術研討會論文集》，頁1-32。
2012 c〈稱名念佛與稱性念佛〉，《佛教禪坐傳統研討會論文集》頁127-168。
2012 b〈華嚴宗對阿賴耶識的看法───以智儼、法藏為主〉，《2012 華嚴一甲子回顧學術研討會論文集》頁121-148。
2012 a〈從「明心見性」論聖嚴禪法與天台止觀〉，《聖嚴研究》第三輯，頁237-269。
2011〈從一乘三乘論華嚴的菩提心〉，《華嚴學報》第一期，頁79 -102。
2010〈聖嚴思想與如來藏說〉，《聖嚴研究》第一輯，頁383 -414。
2009〈從梁武帝的齋祭到志磐的水陸儀〉，《世界佛教論壇論文集》第2屆。
2007〈從天台、華嚴論觀音大悲普門之時代意義〉，《觀世音菩薩與現代社會：第五屆中華國際佛學會議中文論文集》，台北：法鼓文化，頁101-135。
2006 b〈論「以別接通」於天台判教之意義〉，《專任研究人員論文發表會》第11屆。
2006 a〈天臺五停心觀之探討〉，《中華佛學學報》第19期，頁271 -292。
2005 d〈天台四教斷惑修證之探討------以菩薩道為主〉，第五屆天台學會研討會專輯，頁31-44。 
2005 c〈從天台止觀論動中禪〉，第2屆《法華思想與天台佛學研討會》。
2005 b〈以天臺禪觀的理論為基礎探討校園禪修課程的開展───以法鼓山現行北海岸校園禪修的發展為例〉，《法華思想與天台佛學研討會》第2屆。
2005 a〈天台懺悔與戒定慧之關係〉，《佛教與二十一世紀》，台北：法鼓文化，頁165- 195。
2004 c〈論「五味半滿」所建構的天台判教體系〉，《中華佛學學報》第17期，頁173-213。
2004 b〈天臺止觀───《釋禪》《六妙門》《小止觀》導讀〉，《天臺止觀───《釋禪》《六妙門》《小止觀》》，台北：大乘精舍印經會，頁次：351。
2004 a〈天台圓頓止觀「事修．理觀」雙重奏───以《摩訶止觀》為主〉，《圓光佛學學報》第九期，頁175-214。
2003 〈天台四教斷惑修證之研究〉，《天台宗學會研討會》第5屆。
2002b〈串起粒粒的寶珠：《摩訶止觀》導讀〉，《串起粒粒的寶珠：《摩訶止觀》》，台北：大乘精舍印經會，頁次：351。
2002 a〈天台圓頓止觀之修證───就十乘觀法而論〉，《中華佛學學報》第15期，頁305-333。
2001 〈從「開權顯實」論法華之妙〉，《中華佛學學報》第14期，頁：293-308。
2000 b〈從數息觀論中國佛教早期禪法〉，《中華佛學學報》第13.1期，頁323-348。
2000 a〈天臺智者的戒體論與《菩薩戒義疏》〉，《研究中心學報》第五期，頁113-133。
1999 〈大乘菩薩道與儒家倫理〉，《中華佛學學報》第十二期，頁317-337。
1998 b〈慧思與智者心意識說之探討〉，《中華佛學學報》第11期，頁155 -179。
1998 a〈慧思的禪觀思想與首楞嚴三昧〉，《佛學研究中心學報》第三期，頁151 -185。
1997 b〈對中村元《東洋人の思惟方法》中有關思惟模式和中國佛教之析判〉，《正觀》第二期。
1997 a〈評〈從「法性即無明」到「性惡」〉〉，《佛學研究中心學報》第二期，頁73-127。
1996 d〈蕅益智旭思想的特質及其定位問題〉，《中國文哲研究集刊》第8期，頁227-256。
1996 c《華嚴無盡法界緣起論》，台北：華嚴蓮社，頁次：444。
1996 b〈從湛然〈十不二門〉 論天台思想之發展演變〉，《中華佛學學報》第九期，頁261-290。
1996 a〈由「大乘止觀法門」論慧思思想有否與前期相違〉，《諦觀》第85期，頁31-68。
1995 c〈就《華嚴法界觀門》論華嚴思想之演變〉，《中華佛學學報》第8期，頁373-396。
1995 b〈天台智者思想形成之時代背景───南北朝佛學思潮對智者之激發〉，《諦觀》第81期，頁131-159。
1995 a〈「摩訶止觀」、「釋禪」、「小止觀」之比較〉，《諦觀》第80期，頁1-22。
1994 g〈蕅益智旭大師修學心路歷程之探索(下)〉，《獅子吼》第33卷第2期，頁14-20。
1994 f〈蕅益智旭大師修學心路歷程之探索(上) 〉，《獅子吼》第33卷第1期，頁8-14。
1994 e〈孤山智圓禪師修學之心路歷程〉，《獅子吼》第33卷第5期，頁9-16。
1994 d〈孤山智圓的理具唯心思想及其對知禮之反批〉，《諦觀》第76期，頁131-152。
1994 c〈天台智者的禪觀〉(手稿pdf)。
1994 b〈天台智者大師修學心路歷程之探索〉，《獅子吼》第33卷第3期，頁18-26。
1994 a〈《大方廣十輪經》十輪思想之研究───以十佛輪的教育觀為主」論文簡介〉，《人生》第126期，頁31-33。
1993 d〈論發心───以天台智者大師之論述為主〉，《獅子吼》第32卷第6期，頁31-41。
1993 c〈論述天台智者大師的次第戒聖行───十支戒〉，《圓光佛學學報》創刊號，頁139-160。
1993 b〈湛然理具思想之探討〉，《中華佛學學報》第6期，頁279-301。
1993 a〈從觀心評天台山家山外之論爭〉，《諦觀》第74期，頁151-195。
1992〈《觀音玄義》性惡問題之探討〉，《中華佛學學報》第5期，頁173-191。