1978年10月，聖嚴法師應當時中國文化學院創辦人張其昀博士之邀，以國際知名佛教學者身份，擔任該院哲學研究所教授，及其附設中華學術院佛學研究所所長。1979年起即積極籌備培育人才工作；1981年8月開始招考研究生。然而因緣變化，中國文化學院改制後，中華學術院佛學研究所於1984年停止招生；聖嚴法師遂於1985年8月，假北投中華佛教文化館創立中華佛學研究所，並1987年，奉准教育部認可立案，成為正式的教育學術機構。

之後創辦人聖嚴法師東西方法務漸繁，遂於1992年敦請方甯書教授繼任所長；1996年由李志夫教授接任。2001年，位於金山的「法鼓山世界佛教教育園區」第一期工程完工，中華佛學研究所與圖書資訊館遷入新校區。同年法鼓山僧團也新創僧伽大學佛學院，法鼓山「大學院教育」至此規模初具，步上嶄新里程。

中華佛學研究所以「發揚中華文化，提倡國際性的佛教學術研究，培植高水準的佛教教育及弘化人才」為宗旨，重視學術研究與人才養成，舉辦多次國際與兩岸佛學會議，與多所國際知名學府締結姊妹校或合作，於國內外進行各項學術交流與獎助。本所亦發行期刊及各系列叢書出版品，展現佛學研究之成果，並聚焦於漢傳佛教相關主題，提升其影響力與學界之關注。1998年本所成立「佛學網路資訊室」，投入佛學研究資訊化的領域，包括佛學資料庫的建制與應用，大力支持中華電子佛典協會，推動藏經電子化等。此外，值得一提的是，本所於2001年至2007年先後承辦「漢藏佛教文化交流研究班」與「漢藏佛教文化交流翻譯研究班」，首開「漢、藏僧侶同修」先例，建置漢、藏佛教與文化交流平台，培養漢藏佛典之對譯人才。

自2005年起，中華佛學研究所向教育部申請改制為「法鼓佛教研修學院」。2006年12月李志夫教授申請榮退，由果肇法師代理所長一年整。2007年4月「法鼓佛教研修學院」獲准設立，中華佛學研究所培育人才的工作，正式交由「法鼓佛教研修學院」接手。中華佛學研究所前後招生二十五屆，共有237名畢結業全修生（若含歷年選修、選課人數則有三百餘位研究生）。

2007年12月26日開始，由果鏡法師接任所長職，繼續推動深耕漢傳佛教之志業，以所訓「立足中華，放眼世界」及「實用為先，利他為重」為核心精神，特別是創辦人聖嚴法師2009年2月捨報後，本所承繼創辦人一心繫念的「漢傳佛教」研究之推動，將以數位典藏、學術研究、出版刊物、國際交流四大目標為本所重點任務，持續為學術界貢獻微薄之力。